Szervezeti felépítés
A Brenner János Hittudományi Főiskola egyházi felsőoktatási intézmény, amelynek fenntartója a Győri Egyházmegye megyés püspöke. A fenntartó nevezi ki a főiskola vezetőit, és az állami és egyéb támogatásokat is felhasználva ő biztosítja az intézmény fenntartásához szükséges anyagi hátteret. Az intézmény nem utolsó sorban a fenntartó által áll kapcsolatban minőségpolitikájának meghatározó szereplőivel, amilyen például a Győri Egyházmegye, ennek Hitoktatási Bizottsága, illetve ugyanezen szervezetek és intézmények megfelelői a Szombathelyi Egyházmegyében, amelyek végzett növendékeink jelentős részének munkáját koordinálják.
A Nemzeti Felsőoktatási Törvény 12. § (1) bekezdése szerint a „felsőoktatási intézmény vezető testülete a szenátus. A szenátus elnöke a rektor.” Ugyanezen törvény 13. § (1) bekezdése szerint „A felsőoktatási intézmény felelős vezetője és képviselője a rektor, aki eljár és dönt mindazokban az ügyekben, amelyeket jogszabály, a szervezeti és működési szabályzat, a kollektív szerződés nem utal más személy vagy testület hatáskörébe.”